Aguapiedras tiene el privilegio de tener una abundancia de la flora nativa chilena, está lleno de especies medicinales y algunas especies en peligro de extinción.
Aguapiedras está ubicado en la zona del Santuario de la Naturaleza del Cajón del Achibueno, en Pejerrey. El área protegida del Santuario considera el cauce y zona de inundación del río Achibueno, el mismo río, como también las laderas colindantes, lo que suma una superficie de casi 4.600 hectáreas y cubre la totalidad de los cursos de agua de la cuenca y atraviesa tres comunas de la Región del Maule: Colbún, Linares y Longaví. El objeto de la conservación del Santuario es el Bosque Maulino que es único y de mayor importancia para la conservación a nivel mundial.
En el Santuario y en Aguapiedras se encuentran especies de flora y fauna nativas de la zona y muchas especies en peligro de extinción y por eso requieren protección. Las especies de la flora chilena mencionadas en el decreto son el Roble Maulino, Hualo y otros del género Nothofagus; Belloto del Sur, Lleuque, la hierba Senecio linearensis, Guindo Santo y Mañío de hoja larga. Es importante mencionar que algunas de estas especies son exclusivas de la zona de Linares.
Boldo
Boldo es uno de los árboles más abundantes en el terreno de cabañas Aguapiedras en Pejerrey, y de los árboles medicinales más conocidos de Chile.
Canelo
El Canelo es un árbol originario de Chile y Argentina, en Chile se puede encontar desde el río Limarí hasta la Tierra de Fuego, alcanzando el mejor desarrollo en la isla de Chiloé.
Bosque maulino 
Boldo 
Poleo 
Canelo 
Colihue